本校具備健全的組織層級與架構、資源規劃與配置，以落實校務發展及學校任務。在行政單位方面， 全校共有17個一級單位，44個二級單位，在發展學校特色方面，全校共有4個校級研究中心。 本校各單位組織遵循「南華大學組織規程」之規定，依組織規範運作，權責劃分清楚、並互相協調，運作順暢。
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